Aunque su línea editorial no tuviese un sesgo político determinado,[2]​ algunos medios lo consideraban afín a la izquierda nacionalista vasca,[3]​ si bien entre sus redactores y colaboradores había una gran diversidad ideológica.

En la sentencia figuraban frases como: "el cierre del diario no tenía habilitación constitucional directa y carecía de una norma legal especial y expresa que la autorizara" o "tampoco se ha acreditado ni directa ni indirectamente que el periódico haya defendido los postulados de la banda terrorista, haya publicado un solo artículo a favor del terrorismo o de los terroristas ni que su línea editorial tuviese siquiera un sesgo político determinado".

Tras la sentencia, la mayoría de partidos políticos vascos exigieron las disculpas del Estado y que se repararan los daños y perjuicios causados durante los siete años que duró todo el proceso.

Durante la primavera de 1990 se llevó a cabo una gran campaña en el País Vasco con un doble objetivo: dar a conocer el proyecto de creación del nuevo periódico y recaudar los fondos económicos necesarios para hacerlo posible.

Unas 3000 personas trabajaron voluntariamente en dicha campaña, se pusieron en el mercado acciones-participaciones de 30 euros (capitalizados por Egunkaria Sortzen), y para aquel que quisiera ser accionista se vendían acciones de 3000 euros.

En octubre de 2003, el juez Juan del Olmo lanzó una segunda operación policial, en este caso contra varias empresas ubicadas en el mismo polígono industrial donde tenía su sede Egunkaria (el Parque Cultural Martin Ugalde de Andoáin), en la que detuvieron a otras nueve personas bajo acusaciones similares a las de la primera operación.

Esto creó una gran polémica en el Consejo General del Poder Judicial (órgano máximo de la judicatura española)[cita requerida].

Las declaraciones fueron emitidas en directo por los informativos de la televisión pública vasca (ETB): A su vez, el Ministerio del Interior interpuso una querella contra los cinco por denuncias «falsas» de tortura e «injurias y calumnias» contra la Guardia Civil.

Estas denuncias cruzadas fueron citadas en el informe número E/CN.4/2004/56/Add.2 del Relator Especial de las Naciones Unidas sobre la tortura.

[cita requerida] Por su parte, Euskaltzaindia (la Real Academia de la Lengua Vasca) mostró: "su "honda preocupación" por la clausura judicial del periódico en euskera Euskaldunon Egunkaria, así como por la detención de personas que durante años llevan realizando una "labor relevante" por la lengua y la cultura vascas.

Es el caso del periodista Gorka Landáburu, víctima de un intento de asesinato de ETA, que se manifestó contra el cierre en el 2005: "también se han cometido errores, como el cierre del diario «Egunkaria», que han alimentado el victimismo; si había causa, se tenía que haber detenido a los responsables del periódico, no cerrarlo"[21]​ Desde los partidos políticos mayoritarios en España se reaccionó pidiendo respeto a la independencia judicial y a favor de la actuación del juez.

El dinero restante obtenido en la gestión de la liquidación quedó en manos del juez.

"Este nuevo hecho tampoco se ha constatado en la investigación o, cuando menos, el resultado de las diligencias practicadas arroja serias y razonables dudas de que ello sea así", concluye el fiscal.

Joan Mari Torrealdai, Iñaki Uria y Txema Auzmendi serían encausados en los dos procesos.

La sala dio la razón a la defensa al reconocer que pudo darse una situación de indefensión cuando el juez Juan del Olmo no tomó declaración en la causa económica a los imputados Iñaki Uria, Joan Mari Torrealdai y Txema Auzmendi.

En una "vistilla" celebrada el 23 de junio la defensa y la fiscalía pidieron el archivo del caso debido a la ausencia de material penal para iniciar la vista oral, entre otros motivos, porque no existía acusación particular y porque la fiscalía ya había retirado los cargos.

En cuanto a Pello Zubiria, se recordó que su supuesto delito ya había prescrito.

Por lo tanto, los otros cinco encausados tuvieron que enfrentarse a los cargos de integración en ETA.