Durante sus horas libres, Esper se dedicó a la preparación de manuscritos relacionados con la historia natural.Fue autor de una serie de opúsculos titulados Die Schmetterlinge in Abbildungen nach der Natur mit Beschreibungen publicados entre 1776 y 1807, y ricamente ilustrados: minerales, aves, plantas, conchas e insectos en 438 láminas coloreadas a mano.Esta es una importante obra precursora sobre las mariposas de Alemania según el sistema linneano.La revista de entomología: Esperiana, Buchreihe zur Entomology, creada en 1990, conmemora su nombre y obra.Sus colecciones se hallan en la "Zoologisches Staatssammlung München" [1] La abreviatura Esper se emplea para indicar a Eugenius Johann Christoph Esper como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.
