Los estratos de Pupunahue se extienden debajo de la superficie sobre un área más grande.
[1] Los estratos están formados por conglomerados, areniscas y lutitas, que corresponden a los depósitos marinos a lacustres costeros (cuenca parálica o límnica).
Las areniscas y la lutitas contienen capas de lignito que superan los 30 cm de espesor.
[3][4] La formación subyace en paraconformidad a la formación Santo Domingo, y afloran principalmente en la zona de Máfil hasta el sector de Catamutún hacia el sur.
[1] Los estratos son muy similares a la formación Cheuquemó que se encuentra más al norte, con la única diferencia de que el conjunto fósil en ambos parece indicar edades diferentes: mientras que la formación Cheuquemó tiene posiblemente unos 14 millones de años (Mioceno),[5] los estratos de Pupunahue tienen entre 23 y 22 millones de años (Oligoceno tardío a Mioceno temprano).