Además, se encuentran dentro del país otros pueblos autóctonos como los seto y los võro, aunque su grado de diferenciación de los estonios aún está por ser bien establecida; las diferencias en gran medida se sustentan en sus respectivas tradiciones culturales e históricas, manifestada en una lengua propia como es el caso del idioma võro y el idioma seto, y en una religión distinta a la luterana que históricamente han profesado los estonios, como es la ortodoxa por parte del pueblo seto.

Además también existe un nutrido grupo de estonios en el exilio, repartidos por diversos países del mundo.

La definición de estonio, tiene sus más antigua referencia en el año 98 cuando el historiador romano Tácito, en su libro Germania, recogió la palabra Aestii con la que los antiguos pueblos germánicos nombraban a los pueblos que habitaban al nordeste del río Vístula.

Las élites gobernantes de Estonia seguían siendo predominantemente germanas desde la conquista cruzada del siglo XIII.

Para finales de 1860, los estonios estaban poco dispuestos a reconciliarse con la hegemonía política y cultural germana.

Al igual que sus vecinos bálticos, los estonios tienen una importante diáspora, creada sobre todo después de la Segunda Guerra Mundial.