Su carrera literaria se vio tempranamente truncada por la tuberculosis, que lo mató a la edad de 21 años.
Después de que fuera reabierta la Universidad de Tartu en 1802, pero con las clases impartidas solamente en alemán, Kristjan Jaak Peterson se convirtió en el primer estudiante universitario en reconocer su origen estonio, contribuyendo al "Despertar Nacional Estonio".
[2][3] Kristjan Jaak Peterson reunió sus poemas estonios en dos pequeños libros, pero nunca los vería publicados, pues ello ocurrió unos cien años más tarde de su fallecimiento.
Teniendo un excepcional talento en cuestiones lingüísticas, obtuvo rápidamente un amplio conocimiento de varias lenguas, antiguas y modernas, escribió tratados e hizo un intento de componer una gramática del sueco.
En tiempos modernos, los manuscritos lingüísticos de Peterson, junto con las versiones originales de sus poemas y su diario, fueron publicados en 2001 en una edición bilingüe estonio-alemán, que incluía algunas traducciones nuevas.