El 12 de julio de 1941 comenzó el gobierno de Sekula Drljević, pero el país se vio inmerso en la guerra civil entre partisanos y chetniks por un lado, y separatistas montenegrinos y fuerzas del Eje por otro.
A medida que avanzó la Segunda Guerra Mundial, el conflicto de Montenegro se fue haciendo extremadamente caótico y despiadado, mientras casi todas las combinaciones de alianzas se hicieron y deshicieron entre las partes beligerantes y las facciones.
En lo que se refiere a las fronteras de la nación, la mayor parte del Sandžak se incluyó en el Estado Independiente de Montenegro, que en esencia sólo existía sobre el papel, ya que buena parte de su proclamado territorio, sobre todo tras la primavera de 1942, nunca fue realmente controlado por su Gobierno.
Montenegro se mantuvo bajo el control directo de las tropas alemanas, con una terrible y sangrienta guerra de guerrillas que asolaba la zona.
El Ejército Popular de Montenegro fue formado por Ante Pavelić y Drljević a partir de derrotadas fuerzas chetniks encabezadas por Pavle Đurišić.