Al estallar la Guerra Civil, en 1936, las instalaciones estaban todavía a medio construir.
[5] Dados el hacinamiento y la insalubridad del centro fallecieron al menos 70 personas por diversas enfermedades.
En 1968 fue inaugurado por RENFE el ferrocarril directo Madrid-Burgos, que suponía una alternativa más corta a la histórica línea Madrid-Irún, que pasaba por Ávila, Medina del Campo y Valladolid.
En esta estación hacían parada desde los trenes regionales hasta el Talgo Madrid-Paris, pasando por numerosos trenes hacia el País Vasco con lo cual durante la década de 1970 y primera mitad de los 80 la línea y esta estación en concreto vivieron su mejor momento.
Además el servicio de este único tren fue cada vez a peor y en numerosas ocasiones ni siquiera el tren pasaba por Aranda desviándose por Valladolid a través de la línea Madrid-Irún.
El entonces ministro de Fomento, José Blanco, declaró que esta línea debía ser eliminada.
En 2015 nació la «Plataforma por la Recuperación del Directo Madrid-Burgos», que pretende luchar hasta su reapertura completa y demostrar su viabilidad total.[n.