Fue inaugurada el 25 de marzo de 1888 como parte del trayecto Mercedes-Palermo del Ferrocarril Buenos Aires al Pacífico.

En 2014 se elevaron los andenes para recibir a las nuevas formaciones.

La estación corresponde a la Línea San Martín de los ferrocarriles metropolitanos de Buenos Aires que conecta las terminales Retiro y Domingo Cabred.

En 1978, con la desafección de Manzanares y Cabred del servicio suburbano, Pilar se transformó en la estación terminal de la Línea San Martín, hasta que estas dos estaciones volvieron a incorporarse al servicio diario en 2014.

Es una estación intermedia del servicio de larga distancia Retiro-Junín.