Actualmente la estación sólo atiende a la línea 8 del Tren Metropolitano de São Paulo, operada por el consorcio privado ViaMobilidade.

La antigua estación quedaba al lado de la Estação da Luz, lo que facilitaba el transporte del café, ya que la São Paulo Railway era la única que hacía el trayecto de la capital a la ciudad de Santos.

Entonces comenzó la construcción de la actual estación, proyectada por Cristiano Stockler das Neves en 1925 con el estilo Luis XVI.

En los años 40 su nombre se cambió en homenaje al expresidente del Estado Júlio Prestes.

En la década de 1990, el gobernador Mário Covas, atendiendo a un pedido del regente John Neschling, decidió restaurar la estación de manera que el lugar donde antiguamente se localizaba el jardín fuese convertido en una sala de conciertos, la Sala São Paulo.