Se considera un trastorno premaligno, por estar asociado a un cierto riesgo de cáncer del esófago, aunque los enfermos bajo control endoscópico y tratamiento adecuado pueden minimizar ese riesgo.

Sin embargo, no todos los pacientes con ERGE desarrollan un esófago de Barrett.

Varios estudios han estimado la prevalencia del esófago de Barrett entre la población normal en un 1,6 %,[7]​ 1,3 %,[8]​ y 3,6 %.

Una biopsia del área afectada comúnmente contendrá una mezcla de las dos células.

Recientemente, el análisis inmunohistoquímico con anticuerpos en contra de componentes específicos sobre las células de derivación intestinal —como la proteína CDX-2— se han usado para identificar a las células metaplásicas verdaderamente intestinales.

Tratamientos con láser se han usado en displasias severas, y pueden requerir cirugía, radioterapia, o quimioterapia.

[15]​ Los pacientes con cáncer esofágico suelen tener una sobrevida menor a un año.