Se especializó en geografía histórica, historia indígena, historia urbana, la Independencia de México, con particular énfasis en la vida y obra de José María Morelos y otros héroes de la independencia; y la Primera República Federal (México).

En 1960 ingresó como investigador al Archivo General de la Nación.

En 1991 fue reconocido como miembro del Sistema Nacional de Investigadores.

[1]​ Dirigió gran cantidad de tesis, e impartió numerosos seminarios sobre los temas en que era especialista.

Entre los más notables se hallan Héctor Cuauhtémoc Hernández Silva, "Doctor Ernesto Lemoine Villicaña, 1927-1993.