El propósito general es promover el desarrollo de las actividades relacionadas con la investigación para fortalecer su calidad, desempeño y eficiencia.

Esta distinción simboliza la calidad y prestigio de las contribuciones científicas.

Simultáneamente al nombramiento se otorgan incentivos económicos a través de becas cuyo monto varía con el nivel asignado, en el caso de ser investigadores que radiquen en México.

Como premio se otorgan distinciones y estímulos económicos que certifican la calidad, productividad, trascendencia e impacto del trabajo de los investigadores seleccionados.

[2]​ La organización ha sido la clave para representar a la academia ante el gobierno federal.

[2]​ Para ser y mantenerte como un miembro del SNI, los investigadores deben mostrar un historial de investigación sistemática en sus campos, hecho como parte de su empleo con una universidad o institución y debidamente documentada.

Para el nivel II, se necesitan los requisitos anteriores, además la calidad de su investigación en su campo debe ser reconocida por el sistema (SNI).

El nivel III está reservado para los investigadores que han hecho contribuciones significativas en sus campos en México.

Todos los niveles están sujetos a una revaluación, excepto por Emeritus, que es de por vida.

[4]​ La idea de la organización surge en 1982, cuando la crisis económica del país disminuyó los salarios de los investigadores, llevando a varios a dejar el país para encontrar oportunidades.

[5]​ Sigue habiendo una severa escasez de investigadores de ciencias en México, habiendo .5 investigadores por cada 100,000 personas económicamente activas, similar a Guatemala, con Argentina teniendo el mayor número.