Tal como Eloísa Díaz, Ernestina Pérez tuvo que asistir a sus clases acompañada de su madre.[16] En 1891, fue nombrada médico del Hospital San Borja por el presidente Balmaceda y empezó a formar matronas.[16][11] Luego presentó en 1904 en el congreso de Buenos Aires sus investigaciones sobre las enfermedades provocadas por los corsés, en Higiene del Corsé.[16] En 1913, el periódico El Mercurio indicaba que había querido estudiar medicina para servir a las mujeres.[12] Ernestina Pérez manifestó, tempranamente, una preocupación por los problemas de la llamada «higiene social», liderando la lucha contra males como el alcoholismo, la tuberculosis y el cólera, entre otros.
