A continuación, trabajó con William Henry Welch y George H. Whipple en el departamento de Patología, desde 1912 hasta 1914, como becario de la Fundación Rockefeller.

De 1915 a 1917, trabajó como Patólogo en el Hospital Peter Bent Brigham en Boston, Massachusetts.

[2]​ Se jubiló en 1955, pero siguió trabajando como director científico del instituto de Patología del Ejército en el hospital militar Walter Reed en Washington, D. C. En 1919, describió la combinación de una Glomerulonefritis con hemorragias pulmonares; la enfermedad fue más tarde llamada Síndrome de Goodpasture.

En 1934,  Goodpasture (en colaboración con C. D. Johnsen) demostró que las paperas son causadas por un virus filtrable.

Otros trabajos de Goodpasture, fueron la formación de Fibrinógeno, con Pancreatitis hemorrágicas, Herpes simple, gripe, Pian, Rabia y cuestiones generales sobre formación del tumor.