En 1913, cuando el presidente Madero fue asesinado, Nájera nuevamente tomó las armas y se unió a los constitucionalistas.
[9] En 1920 con motivo de la sucesión presidencial, el presidente Venustiano Carranza había optado por apoyar a Ignacio Bonillas y no al general Álvaro Obregón.
En abril de 1920, Nájera fue comisionado por el presidente Venustiano Carranza junto con el general Jesús Agustín Castro, para ayudar en la propaganda electoral en favor del ingeniero Bonillas.
El presidente Carranza les hizo llegar mil pesos para ser usados para el trabajo de promoción.
El presidente Carranza ordenó a Nájera organizar las tropas y pelear contra el enemigo.
Desobedeciendo esas órdenes, Nájera dejó Durango y fue a Torreón, pero ahí vio que la rebelión se había extendido al estado completo.
Esta decisión del congreso generó un conflicto de interés que llegó a conocimiento del Senado,[16] quien se inclinó por Domingo Arrieta, pero al ser reconocido después por el presidente provisional Adolfo de la Huerta,[17] siguió como gobernador Enrique R. Nájera.
[8] En las elecciones triunfó Castro, quien fue postulado por el Partido Liberal Revolucionario Durangueño y no tuvo contrincante.
Su administración fue fructífera y honesta para todos los sectores del estado, que recibieron su apoyo.
Durante su mandato, el general Nájera pidió licencia en varias ocasiones y fue sustituido por Antonio Gutiérrez.
[28] Tras una guerra revolucionaria y con el levantamiento cristero, el gobierno del general Nájera era un régimen con poco dinero, que vivía al día.
Nájera formó una alianza política con varios partidos, sindicatos y confederaciones que postularon al licenciado Terrones Benítez a la gubernatura del estado.
[25] Esta rebelión fracaso pocos meses después por falta de apoyo, y ocasionó el degradamiento militar del generalNájera, así como una fuerte persecución[32] que lo obligó a huir hacia los Estados Unidos.