En algún momento anterior a 1474 fue nombrado inquisidor de Tirol, Salzburgo, Bohemia y Moravia.
Hacia 1484, en el momento de publicarse la bula papal Summis desiderantes de Inocencio VIII en 1484, Kramer ya estaba asociado a Jakob Sprenger para crear una inquisición para magos y brujas.
En 1485 escribió un tratado sobre la brujería, que luego fue incorporada en el Malleus Maleficarum.
Algunos historiadores [1] afirman que Kramer no obtuvo el apoyo de los teólogos inquisidores más importantes que se encontraban en la Universidad de Colonia y que estos condenaron el libro por recomendar prácticas poco éticas e ilegales, además de ser inconsistente con la doctrina católica sobre demonología.
En 1500 se le dieron poderes para proceder contra los valdenses y los picardos.