Emile Jéquier (Santiago, enero de 1866-Asiers, Sena, Francia; 1949) fue un arquitecto chileno.
Se dio a conocer en el estudio del arquitecto Prosper Bobin y en la Exposición Universal de París de 1889.
Regresó a Chile en 1902, abrió su propia oficina junto a su primo el arquitecto y fotógrafo Julio Bertrand y ganó el concurso organizado por el Ministerio de Industria y Obras Públicas para construir el nuevo edificio para el Museo y Escuela de Bellas Artes.
Los trabajos de construcción del museo se iniciaron en 1905.
Para el edificio tomó como referencia el recorrido interno y la fachada principal del museo Petit Palais de París, de estilo neoclásico, fuertemente reforzado con detalles propios del estilo art nouveau y estructuras de metal de la entonces difundida arquitectura metálica del siglo XIX.