En su cuarentena, Phelps rompió de nuevo las tradiciones al casarse con un hombre 17 años más joven que ella.
Sus últimos trabajos se centraban en los ideales femeninos y en la independencia económica de la mujer en el matrimonio.
Su novela Trixy, publicada en 1904, giraba en torno a este ideal y los efectos que tenía en los médicos, generando polémica al estar en contra de la experimentación con animales.
[2] Mary Gray, por entonces tenía ocho años y pidió que le pusieran el nombre de su madre en su honor.
Conoció a Elizabeth Phelps ese mismo año y se casaron en otoño.
El editor de la revista recibió con entusiasmo su contribución y le envió a Phelps una suma generosa junto con una nota pidiéndole que le mandara más trabajos En 1864 Harper’s publicó su primer escrito de ficción para adultos.
Pero la controversia que generó no sirvió más que para aumentar las ventas del libro y en las semanas siguientes a su publicación, su editor le envió 600$ (unos 9.188$ hoy en día) y una nota: “tu libro está siendo un éxito; ya ha vendido 4.000 copias.” Se vendieron más de 100.000 copias en Estados Unidos e Inglaterra y el libro se tradujo y publicó en al menos otros cuatro idiomas.
Después, escribió otros dos libros más del mismo tema, Between the gates y Beyond the Gates, y una novela corta sobre los derechos de los animales, Loveliness.
La protagonista en una mujer extraordinaria e independiente de su tiempo que decide, en un principio, que sus metas no se verán sometidas por el matrimonio o la dependencia financiera de su marido, aunque finalmente termina casándose.
Además, su autobiografía, Chapters from a Life, se publicó en 1896 tras haber aparecido por entregas en McClure’s.
En esta época también escribió un amplio número de ensayos para Harper’s.
Su novela Trixy (1904) se centraba en los derechos de los animales, una causa que apoyó en sus últimos años.