El opositor Frente Revolucionario de Timor Oriental Independiente (Fretilin) concurrió a las elecciones fortalecido por la crisis en la coalición gobernante, mientras que Gusmão centró la campaña del CNRT en la búsqueda de un mandato estable que le permitiera gobernar en solitario.
Las Naciones Unidas anunciaron que retirarían las tropas de su país si las elecciones se desarrollaban pacíficamente.
En tercer lugar se ubicó el PD con un 10,31% de los votos y retuvo los 8 escaños que tenía hasta el momento con una ligera caída porcentual.
Separados, el PSD y la ASDT perdieron todos sus escaños y cayeron en la irrelevancia política, mientras que una escisión del Fretilin, el Frente para la Reconstrucción Nacional de Timor Oriental - Cambio (Frenti-Mudança), consiguió el 3,11% de los votos e ingresar con 2 diputados al Parlamento.
Entre los partidos que no consiguieron ingresar, el partido nacionalista enfocado a la juventud desempleada Kmanek Haburas Unidade Nasional Timor Oan (KHUNTO) obtuvo el 2,97% y se quedó a unos pocos cientos de votos de entrar al legislativo.
Permanece hasta la fecha como la única vez que un primer ministro timorense ha sido reelegido consecutivamente.
Además, varios miembros del gobierno eran sospechosos de corrupción, pero esto no pudo confirmarse en ningún caso.
[6] Durante la legislatura, varios partidos tuvieron que hacer frente a divisiones y luchas entre facciones internas.
El ala reformista del Fretilin, encabezada por el vice primer ministro José Luís Guterres, se escindió y fundó el Frente para la Reconstrucción Nacional de Timor Oriental - Cambio, abreviado como Frenti-Mudança.
Ambos quedaron así eliminados en la primera vuelta de las elecciones presidenciales, al igual que el presidente en ejercicio, Ramos-Horta, con un 17,48%.
Si se sumaran los votos de Lasama y Ramos-Horta en las elecciones presidenciales, eso significaría un 35% de los votos en las elecciones generales para el PD, lo que lo convertiría en la fuerza más fuerte en el nuevo parlamento, por delante del Fretilin y el CNRT.
Tampoco estaba claro si el PD volvería a formar una coalición con el CNRT o, en contraste con su postura negativa anterior, con el Fretilin.
Algunos expertos advirtieron en contra de esta solución, afirmando que en este caso los críticos del sistema parlamentario podrían intervenir militarmente.
Gusmão, por su parte, insultó directamente a Da Costa en una reunión televisada del Consejo de Ministros.
Se realizaron numerosas modificaciones al sistema empleado para la elección de la Asamblea Constituyente en 2001, siendo abolidos los escaños elegidos directamente por las municipalidades e implementándose un nuevo umbral electoral del 3% de los votos para acceder a representación proporcional.
[19] La disputa fue más complicada en la UNDERTIM, de la que también fueron presentadas dos listas electorales por distintas ramas del partido.
[22][23] Una candidata destacada de la UNDERTIM fue Angelita Pires, excandidata presidencial y amante del fallecido líder rebelde Alfredo Reinado.
También en esta ocasión se esperaba que la mayoría de los numerosos partidos recién formados no obtuvieran un escaño en el parlamento.
Las mejores oportunidades las tenían todavía el Frenti-Mudança, el PDN y Kmanek Haburas Unidade Nasional Timor Oan (KHUNTO).
[28] El Fretilin cuestionó las denuncias de corrupción en el gobierno liderado por el CNRT y se comprometió a ponerle fin si su partido ganaba las elecciones.
En cambio, pagó entre 100 y 200 dólares estadounidenses a pequeños grupos que harían campaña por el partido en sus ciudades de origen.
Se esperaba que el PD o el PSD proporcionaran la mayoría, pero habían perdido fuerza considerable desde las últimas elecciones.
Las acusaciones también son controvertidas porque fueron hechas por Fernanda Borges, líder del partido PUN, y se denunciaron como electoralistas.
[43] La líder del PUN, Fernanda Borges, también acusó a los grandes partidos de comprar muchos votos en el campo.
El CNRT, en particular, habría gastado mucho dinero cuyo origen no estaba claro.
Sólo se registraron pequeñas irregularidades, que al parecer no influyeron en los resultados electorales.
[58] Por el contrario, la organización de veteranos CPD-RDTL pidió un acuerdo entre CNRT y Fretilin, diciendo que sus líderes ambos provenían del frente común del movimiento independentista y por lo tanto podrían formar un gobierno conjunto, afirmando que «los timorenses no deberían imitar el concepto internacional de oposición».
[60] El diputado del Fretilin y ex primer ministro Estanislau da Silva se mostró tranquilo ante la decisión.
[68] El jefe de la policía nacional, Longuinhos Monteiro, negó que hubiera una motivación política detrás de la violencia y el Fretilin negó cualquier responsabilidad por el estallido de violencia, y Alkatiri culpó a miembros del CNRT, afirmando que estos habían hablado despectivamente sobre el Fretilin en un debate retransmitido en directo por televisión y habían provocado los disturbios.
[70] El secretario general del CNRT, Babo Soares, se disculpó por las duras palabras de sus copartidarios.