Esta elección, a diferencia de los anteriores comicios, fue casi puramente bipartidista.
Debido a estos acuerdos, no hubo más candidatos presidenciales que Chissano y Dhlakama, aunque varios partidos presentaron listas para la Asamblea de la República.
[1] Si bien la participación decreció notoriamente con respecto a los anteriores comicios, aumentó significativamente la cantidad de votantes elegibles que se registraron para hacerlo (86%, con respecto al 78% de 1994).
La elección, que debía realizarse entre el 3 y el 4 de diciembre, se extendió al día 5 debido al mal clima, y en algunos centros la misma no llegó a realizarse en absoluto.
[2][3] El resultado, además de denotar una profunda polarización política, fue muy divisivo geográficamente.
Chissano triunfó en la totalidad de las provincias del sur, mientras que Dhlakama se impuso en casi todo el norte, menos en Cabo Delgado, donde venció el FRELIMO por holgado margen.
[1] Dhlakama, que había rechazado su derrota en 1994 pero fue posteriormente forzado a aceptarla, se negó por segunda vez a reconocer los resultados y declaró que los desafiaría, exigiendo un recuento.
Pese a que la Corte Suprema y los observadores internacionales convalidaron los resultados, la RENAMO se negó a reconocer el triunfo de Chissano y boicoteó su juramentación, aunque sus diputados sí prestaron juramento.
La intensa presión internacional para evitar que la RENAMO retornara a la actividad armada tras su derrota electoral, como sucedió en Angola (con la UNITA manteniendo la guerra civil hasta 2002), así como la consciencia interna de gran parte de la RENAMO del escaso apoyo popular con el que contaba una revuelta armada, llevó a que Dhlakama aceptara el resultado electoral con posterioridad, pese a considerarlo un "fraude electoral abierto".
[9] Aunque la RENAMO y el FRELIMO mantenían diversas tensiones, la posibilidad del estallido de un segundo conflicto bélico se veía remota.
Asimismo su líder, el presidente Joaquim Chissano, había resistido exitosamente su liderazgo personal sobre el partido durante la década de 1990, teniendo prácticamente asegurada la candidatura presidencial para un segundo mandato en 1999.
La misma estuvo completamente polarizada entre el FRELIMO y la RENAMO (al ser los únicos dos partidos con posibilidad alguna de acceder al poder) y se caracterizó por una atmósfera sumamente tensa, aunque fue considerada por los observadores como mucho más tranquila que la de las anteriores elecciones.
[13] El oficialismo basó su campaña en defender la estabilidad política lograda bajo su mandato, así como el progreso económico que estaba comenzando a gestarse.
Su programa económico no se diferenciaba demasiado del de Chissano, promoviendo más activamente el crecimiento de la iniciativa privada en el país, al punto que varios votantes declararon, en entrevistas con medios internacionales, que la RENAMO y el FRELIMO les parecían "lo mismo".
Ante la popularidad de las políticas económicas del gobierno, la RENAMO se centró en criticar la creciente corrupción, que había empeorado con el final de la guerra y que era visto por los analistas como el principal defecto que la población percibía del gobierno del FRELIMO, junto con algunas deficiencias en la libertad de prensa.
[9] Ambas fuerzas se denunciaron mutuamente como culpables de varias injusticias y desmanes durante la campaña.
[17] Poco tiempo después de comenzar la campaña, Dhlakama desapareció de la vista pública durante diez días, y la RENAMO emitió comunicados amenazantes afirmando que podría retornar a la actividad armada si perdía las elecciones.
La RENAMO está preparada para instalar un régimen despótico, antidemocrático, con la supresión de las libertades fundamentales que existen en el país.
La Corte Suprema dictaminó que los resultados computarizados podrían conciliarse adecuadamente con los registros, y que si bien hubo errores en algunos de estos, no eran lo suficientemente marcados como para modificar los resultados finales en modo significativo.