Enfrentó al Gobierno comunista unipartidista del Frente de Liberación de Mozambique (FRELIMO), liderado primero por Samora Machel (1975-1986) y luego por Joaquim Chissano, contra las fuerzas insurgentes anticomunistas agrupadas en la Resistencia Nacional Mozambiqueña (RENAMO), encabezadas primero por André Matsangaissa y, tras su muerte en 1979, por Afonso Dhlakama.

El Gobierno del FRELIMO fue a su vez fuertemente apoyado por los gobiernos vecinos afines de Tanzania, Malaui y, tras el derrumbe del régimen racista rodesiano en 1979, también Zimbabue, que desplegaron eventualmente tropas en Mozambique para defender sus propios intereses económicos contra los ataques de la RENAMO.

Al año siguiente, Portugal estableció una alianza militar informal con Rhodesia y Sudáfrica, conocida como Ejército de Alcora.

A los insurgentes de ZANLA se les permitió infiltrarse en Rodesia desde el territorio controlado por el FRELIMO.

[30]​ Numerosos partidos políticos surgieron virtualmente de la noche a la mañana y compitieron por el poder con FRELIMO.

En su retirada, los portugueses realizaron un extenso sabotaje a la naciente economía del nuevo país mediante pequeños «actos de maldad», tales como robar las ganancias de las fábricas, arrojar maquinaria al mar o verter cemento fresco en las alcantarillas.

[30]​[34]​ Como partido marxista revolucionario, el FRELIMO se embarcó en derribar las estructuras de gobierno tribales tradicionales que crecieron ampliamente bajo el dominio colonial portugués, en un esfuerzo por contrarrestar el regionalismo y el tribalismo para construir una identidad nacional única.

Este fue especialmente el caso en el centro y el norte de Mozambique, donde los hogares están tradicionalmente separados por distancias considerables.

Esto se hizo mediante el secuestro y la intimidación en masa, especialmente de niños para usarlos como soldados.

Este sistema afectó especialmente a la población rural en áreas controladas por la RENAMO, lo que obligó a cumplir tres tareas principales: 1) producir alimentos para la RENAMO, 2) transportar bienes y municiones, 3) en el caso de las mujeres, servir como esclavas sexuales.

La RENAMO pudo llevar a cabo redadas prácticamente en cualquier lugar del país, excepto en las principales ciudades.

[42]​ El FRELIMO reaccionó reutilizando un sistema similar a las aldeas fortificadas (llamadas Aldeamentos) introducidas por los portugueses: la creación de aldeas comunales fortificadas donde gran parte de la población rural se reubicó a medida que la guerra se intensificaba.

[45]​ Con la economía en ruinas, Machel se vio obligado a reducir algunas de las políticas socialistas más ambiciosas; En una visita a Europa occidental ese mismo mes, Machel firmó acuerdos militares y económicos con Portugal, Francia y el Reino Unido.

Los programas agrícolas colectivos y estatales también se redujeron, lo que generó preocupaciones del bloque socialista de que Mozambique estuviera "moviéndose recta e ingenuamente hacia la boca del malvado lobo capitalista".

La intensa presión militar sobre la RENAMO había provocado numerosos contratiempos para la guerrilla rebelde, pero el FRELIMO no pudo acabar con los insurgentes.

Aunque era incapaz de capturar o asegurar ciudades grandes, aún podía aterrorizar las áreas rurales y los asentamientos más pequeños a voluntad.

[47]​[48]​[49]​ Aunque la hambruna se puede atribuir a cuestiones meteorológicas del momento, el enfrentamiento político interno impidió al estado mozambiqueño tomar medidas para combatirla, agravando su efecto devastador.

Sin embargo, en algunas áreas las normas culturales requerían que los hogares se edificaran a cierta distancia uno del otro.

Un granjero mozambiqueño afirmó al respecto:Nunca quise dejar mi antigua residencia y venir a la aldea comunal.

Si alguien se acostaba con su esposa, todos podían escuchar lo que estaban haciendo.

[53]​ La violación también se convirtió en una práctica extendida y problemática de los soldados del FRELIMO.

A menudo, las mujeres serían aprehendidas mientras se encontraban en el campo, y luego violadas como un medio para elevar la moral de las tropas.

Gandira causó un hambre generalizada entre la población rural debido al poco tiempo que les queda para producir alimentos por sí mismos.

Una práctica particularmente brutal fue la mutilación y el asesinato de niños abandonados por padres escapados.

[…] Según se informa, los soldados del gobierno apuntan su fuego defensivo a los atacantes, mientras que las fuerzas de RENAMO disparan indiscriminadamente contra la aldea.

Los testimonios de testigos presenciales indican que cuando se mata a civiles en estos ataques indiscriminados, ya sea contra pueblos defendidos o no defendidos, niños, A menudo junto con las madres y las personas mayores, también son asesinados.

Normalmente, la RENAMO elegiría objetivos más pequeños y fáciles en lugar de atacar una ciudad defendida por unos noventa soldados del gobierno.

La gente misma no fue engañada: atribuyeron varios actos de bandidaje y ciertas masacres a "RENAMO 1", pero otros a "RENAMO 2", el término eufemístico para los soldados y milicianos de FRELIMO que actúan por su cuenta.

[64]​En 1990, con la Guerra Fría en sus días finales, el apartheid se desmoronó en Sudáfrica y el apoyo a la RENAMO finalizó.

[65]​[66]​[67]​ HALO Trust, un grupo de desminado financiado por Gran Bretaña y Estados Unidos comenzó a operar en Mozambique en 1993, reclutando trabajadores locales para eliminar las minas terrestres dispersas en todo el país.