Finalmente, en la década de 1980, ambos edificios fueron cedidos a la Fundación Amparo, que remodeló los mismos bajo la dirección del arquitecto Pedro Ramírez Vázquez.
Al fin, en 1991 se realizó la inauguración del recinto, con el nombre de Museo Amparo.
En 2011, en el marco de su vigésimo aniversario, se inició una cuidadosa transformación arquitectónica para convertirlo en un museo contemporáneo bajo la dirección del arquitecto Enrique Norten.
En éstas se encuentra una portada lateral, tapiada mucho tiempo ha, rematada con un nicho de San José.
Éste es de menor tamaño que los laterales, y expone un Cristo crucificado, a los pies del cual está la Magdalena.
Por lo tanto, a pesar de poseer un altar (sólo el tridentino, no se ha añadido el novus ordo), la pared del mismo aparece vacía.