Sus obras incluyen el scroller lateral Super Meat Boy, el juego roguelike de 2011 The Binding of Isaac, y su remake de 2014 The Binding of Isaac: Rebirth.

[6]​ Algunos de sus juegos más famosos están basados en Adobe Flash, como Meat Boy y su aclamada secuela Super Meat Boy, el cual está disponible para consolas como Xbox 360, PS4 y para ordenador.

McMillen es también conocido por los galardonados juegos Gish, Aether, The Binding of Isaac y Coil.

[11]​[12]​[13]​ Su juego Aether fue también finalista y recibió una mención honorífica en los premios de IndieCade.

Debido al poco interés inicial de Sony, Team Meat no pudo distribuir la versión para PlayStation 3 del juego.