Los lagos más grandes de la ecorregión son el Titicaca, el Poopó y Chungará.
Los río más importantes son: Desaguadero, Suches, Huenche, Isluga, Lauca, Grande de Lípez, Collacahua, etc.
También se encuentran lagunas, con variada graduación de halinidad, por ejemplo las lagunas de Zapaleri, Capina, Kalina, Coruto, Verde, Colorada, Blanca, etc.
En salares del extremo sur de la ecorregión, poblaciones aisladas de dicho género parecen haber desarrollado una adaptación fisiológica que les permite tolerar la congelación durante las frías noches altiplánicas.
[11] Entre las aves acuáticas endémicas se encuentra el zampullín del Titicaca (Rollandia microptera).