Trichomycterus

[4]​ Sin embargo, una organización diferente de las especies del sur y el sudeste de Brasil incluye también T. guaraquessaba, T. nigricans, T. davisi, T. stawiarski, T. castroi, T. triguttatus, T. immaculatus, T. itatiayae, T. mirissumba, T. zonatus, T. naipi, T. taroba, T. papilliferus, T. mboycy yT. plumbeus.[2]​ T. aguarague, T. alterus, T. boylei, T. ramosus y T. belensis formarían otra posible organización.[7]​ A pesar de la extensa distribución del género, muchas especies tienen una extensión limitada y normalmente se encuentran exclusivamente en un único río.[9]​ Hay seis especies hipogeas en este género: Trichomycterus chaberti, T. itacarambiensis, T. santanderensis, T. spelaeus, and T.[1]​ Las especies se diferencian entre sí en primer lugar por las proporciones físicas, el número de espinas en las aletas y la coloración.