[1][2] Fue arrestado ocho veces y en 1864 enfrentó un juicio por alta traición pero fue absuelto por falta de pruebas.
También conoció en esa época al ingeniero, geólogo y alpinista Felice Giordano.
Lovisato, inicialmente vicepresidente de la comisión científica, ejerció diversas tareas como demuestran las declaraciones en sus diarios, que cubren una amplia gama de temas sobre geología, paleontología, botánica y etnografía.
[1][2][5] Los reconocimientos, los honores conquistados en el campo de la ciencia y las ofertas del gobierno argentino para mantenerlo en Sudamérica no convencieron a Lovisato, que decidió regresar a Italia.
Durante ese período realizó investigaciones y publicó más de cien títulos, muchos sobre la geología de Cerdeña, publicados por la Accademia dei Lincei; también fundó la sede del Club Alpino Italiano en Sácer y organizó la construcción del refugio La Marmora sobre el pico del mismo nombre en el Gennargentu, obra en homenaje a Alberto Lamarmora, naturalista italiano del cual se convierte en heredero académico y científico continuando con sus investigaciones, por ejemplo, las formaciones calcáreas del sistema montañoso que rodea la ciudad de Cagliari.
Su gesto fue muy apreciado, pero no pudo disfrutar de la victoria sobre el enemigo austríaco.