[1]​ Según el ingeniero Federico Schiappi en su obra La Región Central del Perú.

En 1641, el río Perené es navegado por primera vez por el misionero Francisco Matías Illescas, que buscaba evangelizar a los nativos.

Durante aproximadamente cien años, la Selva Central permaneció cerrada para los colonos y misioneros, es así en el frustrado intento de la evangelización y el ambiente convulsionado que se vivía en el territorio Asháninka en 1742 aparece en escena Juan Santos Atahualpa liderando una rebelión en la Selva Central, en especial por el territorio del hoy distrito de Perené, expulsando nuevamente a los misionerosfFranciscanos y en 1775 muere a manos de un nativo, quien tenía la esperanza de su resurrección, porque era considerado por la comunidad nativa como hijo de Dios.

Así transcurrieron los años, hasta que fue evangelizado parte de los Asháninka, cediendo su territorio a la colonización y beneficiando a los invasores andinos y colonos europeos.

El primer alcalde distrital fue Alejandrino Adauto Quispe, sucediéndole en el cargo el señor Isaias Aldoradin, victimado posteriormente por grupos sediciosos el 27 de julio de 1989 en el Parque Santa Ana.

La Comunidad Asháninka Marankiari Bajo quien viene desarrollado un turismo vivencial y cultural.