La diócesis extiende su jurisdicción sobre los fieles católicos de rito latino residentes en el territorio de Yibuti.
La sede episcopal está en la ciudad de Yibuti, en donde se encuentra la Catedral de Nuestra Señora del Buen Pastor.
La Iglesia católica estableció su presencia en Yibuti con la primera evangelización realizada por los capuchinos franceses de Etiopía en 1881.
[1] El 13 de febrero de 1925 la prefectura apostólica incorporó otra porción de territorio del mismo vicariato apostólico de los Gallas en virtud del breve Ex hac divi del papa Pío XI.
[3] El 14 de septiembre de 1955 la prefectura apostólica fue elevada a diócesis con la bula Dum tantis del papa Pío XII.