La diócesis de San Juan Bautista de las Misiones (en latín: Dioecesis Sancti Ioannis Baptistae a Missionibus) es una circunscripción eclesiástica de la Iglesia católica en Paraguay.
La diócesis tiene 21 703 km² y extiende su jurisdicción sobre los fieles católicos de rito latino residentes en los departamentos de Misiones y Ñeembucú.
La sede de la diócesis se encuentra en la ciudad de San Juan Bautista, en donde se halla la Catedral de San Juan Bautista.
En Pilar se encuentra la basílica menor de Nuestra Señora del Pilar.
[1] Según el Anuario Pontificio 2021 la diócesis tenía a fines de 2020 un total de 216 300 fieles bautizados.