[1]​ Samarcanda se rindió a Gengis Kan en 1220, y aunque muchos de sus ciudadanos fueron asesinados, la ciudad no fue destruida.

Según las fuentes de la época, en la ciudad, conocida como Summachra en el Liber historiarum de Johannes Elemosyna (1335), vivía una importante comunidad cristiana, compuesta principalmente por nestorianos y griegos ortodoxos o melquitas.

Según una tradición, atestiguada por Marco Polo y retomada por Johannes Elemosyna, el fundador de la dinastía mongol de Chagatai ya se habría convertido al cristianismo al recibir el bautismo.

Uno de sus descendientes, Eljigidey, que ascendió al trono en 1327, dio la bienvenida a la predicación de los dominicos y abrazó la fe cristiana, y se construyó una iglesia dedicada a san Juan el Bautista en Samarcanda.

El primer grupo estaba formado por un pueblo nómada, cuya ubicación geográfica es, por tanto, difícil de establecer por naturaleza.