La diócesis de Kioto (en latín: Dioecesis Kyoten(sis) y en japonés: カトリック京都司教区) es una circunscripción eclesiástica latina de la Iglesia católica en Japón, sufragánea de la arquidiócesis de Osaka.
La diócesis tiene al obispo Paul Yoshinao Otsuka como su ordinario desde el 3 de marzo de 1997.
La diócesis tiene 18 094 km² y extiende su jurisdicción sobre los fieles católicos de rito latino residentes en la región de Kansai, en las prefecturas de Kioto, Mie, Nara y Shiga.
La sede de la diócesis se encuentra en la ciudad de Kioto, en donde se halla la Catedral de San Francisco Javier.
[1] El 12 de julio de 1951 la prefectura apostólica fue elevada a diócesis con la bula Inter supremi del papa Pío XII.