La diócesis de Keningau (en latín: Dioecesis Keningauen(sis), en malayo: Keuskupan Roman Katolik Keningau y en inglés: Roman Catholic Diocese of Keningau) es una circunscripción eclesiástica latina de la Iglesia católica en Malasia, sufragánea de la arquidiócesis de Kota Kinabalu.
La diócesis tiene al obispo Cornelius Piong como su ordinario desde el 17 de diciembre de 1992.
La diócesis tiene 18 298 km² y extiende su jurisdicción sobre los fieles católicos de rito latino residentes en la división Interior (Bahagian Pedalaman) del estado de Sabah.
La sede de la diócesis se encuentra en la ciudad de Keningau, en donde se halla la Catedral de San Francisco Javier.
La diócesis fue erigida el 17 de diciembre de 1992 con la bula Opitulante quidem del papa Juan Pablo II, obteniendo el territorio de la diócesis de Kota Kinabalu (hoy arquidiócesis).