En 1565 publicó los decretos del Concilio de Trento y en el mismo año realizó una visita pastoral a la diócesis.

Su sucesor Laurens Mets asistió a los dos consejos provinciales de Malinas en 1570 y 1572.

En 1571 convocó el primer sínodo diocesano y abrió el seminario, que sin embargo tuvo una corta vida (hasta 1582).

En 1614 Masius celebró un segundo sínodo diocesano, donde se discutió el seminario, que fue reabierto por Nicolaas Zoesius en 1616 para ser definitivamente cerrado en 1629.

El obispo Michael Ophorius se vio obligado a abandonar la ciudad con todo su clero y nunca regresó.

En 1810 la catedral pasó a manos católicas y fue reabierta al culto.

[9]​ En 1848 la nueva constitución holandesa garantizó las libertades políticas y religiosas de los católicos.

El papa Pío IX, con el breve Ex qua die del 4 de marzo de 1853, restableció la jerarquía episcopal católica en los Países Bajos: Utrecht se convirtió en sede metropolitana , con cuatro diócesis sufragáneas: Bolduque, Haarlem, Breda y Roermond.

En su exigente labor fue ayudado por dos obispos auxiliares: Joannes Deppen y Adrianus Godschalk.