Ese mismo año, el 16 de octubre, Jaime Prieto Amaya fue nombrado obispo, y tomó posesión dos meses después.

Prieto Amaya desempeñó una actividad pastoral notable por su compromiso en favor de los derechos humanos, en un momento en que la diócesis y la región entera vivió uno de sus momentos más grises por la violencia paramilitar y guerrillera.

Según los historiadores Plata y Figueroa, "la pastoral realizada por la Iglesia católica tuvo un acento distinto, lo que la obligó tempranamente a acercarse al mundo obrero con el objeto de hacer alianzas y a su vez, crear vínculos con las directivas de La Troco, compuesta por norteamericanos, generalmente de origen protestante.

Es así como en los años cuarenta surgieron varios sindicatos de corte católico que buscaron competir con el sindicalismo socialista, al tiempo que se gestionaban recursos con la petrolera para la construcción de iglesias y casas curales.

Con todo, la Iglesia Católica logró expandirse, lo que le permitió en los años setenta contar con once parroquias en la ciudad"[11]​ Luego, la elevación al rango de diócesis coincidió con una época de cambios generada por el Concilio Vaticano II (1962-1965) y la II Conferencia del CELAM en Medellín (1968); se crea el Secretariado de Pastoral Social y una generación de jóvenes sacerdotes liderada por Floresmiro López, Eduardo Díaz Ardila, Nel Beltrán Santamaría (hoy obispo) y Gabriel Ojeda, entre otros, desarrolla una pastoral muy comprometida con los pobres y en apoyo de reinvidaciones básicas en temas como: servicios públicos, desarrollo económico, vivienda, salud, familia, mujer y educación.

Se crean, en este sentido, Comunidades Eclesiales de Base y entidades como la Organización Femenina Popular (OFP) o el Instituto Cristiano de Promoción Campesina (ICPROC) entre muchas otras.

Ante esta situación la Iglesia diocesana desarrolla una pastoral por la paz que procuró acompañar y proteger a las víctimas, generar estrategias de diálogo con los grupos armados (los "diálogos pastorales") apoyar la creación de organizaciones que protegieran la vida, la paz y procuraran el desarrollo económico sostenible en una región muy desigual.