El desierto inicia, al norte desde el Rosario en el paralelo 30 norte, incluye el Valle de los Cirios, la Sierra de San Borja, la población de Guerrero Negro al oeste de la península, junto a la la Laguna Ojos de Liebre, el Desierto del Vizcaíno, y Sierra San Francisco hasta la oblación de San Ignacio en el paralelo 27° en Baja California Sur.Aunque las lluvias son escasas, su cercanía con el Océano Pacífico al oeste y el Golfo de California al este, ofrecen algo de humedad que modera la temperatura en comparación con otras zonas del desierto de Sonora, que se encuentra en la ladera este y norte de la cordillera de la Independencia.En el Desierto de Baja California habitó la etnia cochimí.En esta ecorregión se encuentra localizado el Arte Rupestre Gran Mural, en las sierras de San Borja, Sierra de San Juan y de San Francisco.La ecorregión está cubierta por arbustos xerófilos (vegetación adaptada para vivir en un medio seco), que crean asociaciones diferentes según las condiciones de elevación y el suelo.
