En 1824, se produce una nueva reorganización que crea los departamentos de Azuay y Guayaquil a partir del de Ecuador,[2] por lo que este último pasó a ocupar lo que actualmente constituye la sierra norte de la República del Ecuador, y perduró hasta la disolución del país en 1830.
En el aspecto administrativo, la representación del poder ejecutivo grancolombiano estaba en manos del Intendente que debía residir en la ciudad de Quito, el mismo que era a su vez Jefe Superior del Distrito del Sur y al que debían responder los otros dos Intendentes de los departamentos de Azuay y Guayaquil.
[3] Jefes Superiores del Distrito del Sur e Intendentes de Ecuador, serían:[3][4] En 1819 el departamento comprendía todo lo que en la actualidad es la República de Ecuador.
El departamento se subdividía en provincias y estas en cantones.
De acuerdo a las leyes de la Gran Colombia, a la cabeza del gobierno civil del departamento se hallaba un Intendente y la autoridad militar estaba representada por el comandante general.