Cuzco fue uno de los cinco departamentos que conformaban el Estado Sud-Peruano, perteneciente a la Confederación Perú-Boliviana.

[2]​ El Gobierno General de la Confederación minimizó la disputa territorial entre las entonces República Peruana y Bolivia, así como incluir entre sus territorios, las reclamaciones territoriales hacia Brasil.

Cuzco también tenía diputados en el Congreso de la Confederación como parte del grupo parlamentario sud-peruano.

[1]​ Cuzco estaba sujeto sujeto al Gobierno General, su gobernador era nombrado por el presidente del Estado, y este a su vez era nombrado por el supremo protector de turno.

[2]​ El departamento estaba formado por territorio actualmente repartido entre los estados de Perú, Bolivia y Brasil.