Arequipa fue uno de los cinco departamentos que conformaban el Estado Sud-Peruano, perteneciente a la Confederación Perú-Boliviana.

[1]​ Arequipa envió diputados a la Asamblea de Sicuani de marzo de 1836,[1]​ en donde fue redactada la Constitución del Estado Sud Peruano con la tutela del entonces político rebelde Nicolás Fernández de Piérola y Flores en plena guerra civil peruana desde 1835.

[2]​ El Gobierno General de la Confederación minimizó la disputa territorial entre las entonces República Peruana y Bolivia.

[1]​ Arequipa estaba sujeto al Gobierno General, su gobernador era nombrado por el presidente del Estado, y este a su vez era nombrado por el supremo protector de turno.

[2]​ En lo que respecta a su territorio, Arequipa se encuentra dividido entre los modernos departamentos de Arequipa y Moquegua.