Los decretos sólo tuvieron vigencia en la España "afrancesada", la que estaba bajo la autoridad de José I Bonaparte y del ejército francés, y no se aplicaron en la España "patriota" en la que las Cortes de Cádiz detentaban el poder en nombre de Fernando VII, cautivo en Francia, único rey al que reconocían.La revuelta antifrancesa iniciada en Madrid el 2 de mayo de 1808 se extendió por todo el país, formándose juntas que asumieron el poder en nombre del rey que consideraban legítimo, Fernando VII, y le declararon la guerra al Imperio napoleónico.En todo caso, continúan diciendo, los decretos fueron publicados en la Gazeta de Madrid, «el periódico destinado a transmitir a la población las decisiones oficiales, y una vez restablecido en el trono, José I no lo[s] derogó».Este cambio de actitud de Napoleón respecto de la Inquisición, según Emilio La Parra y María Ángeles Casado, se explica por razones propagandísticas –así se presentaba ante los franceses y ante toda Europa como el libertador de los pueblos oprimidos por el fanatismo religioso- y también porque ya no le servía «para sujetar a la población al soberano establecido, que según Napoleón solo podía ser su hermano [José I]».[8] Según el hispanista francés Joseph Pérez, «esas medidas tan radicales cogen desprevenidas a las minorías españolas, que nunca pensaron que se llegaría tan lejos».
Cuadro de
Antoine-Jean Gros
(1810) que representa la capitulación de Madrid ante Napoleón el 4 de diciembre de 1808. "Se muestra a los españoles inclinando la cabeza y arrodillándose servilmente ante el emperador. Este lienzo expuesto en el Salón de 1810 representaba el restablecimiento del poder militar francés en España tras la
derrota de Bailén
. En el lienzo de Gros podemos ver como el gobernador de Madrid,
Tomás Morla
, al frente de la delegación española, inclina su cabeza ante el emperador que le reprende; monjes, curas, ciudadanos y majos suplican a Napoleón que evite el bombardeo de la ciudad. Esta escena servil pintada por Gros tiene sin embargo dos contrapuntos, como hiciera notar Albert Boime: tras la espalda del gobernador Morla un patriota español mira gallardo y furioso a Napoleón; mientras tanto, Napoleón adopta una pose carente de la seguridad y de la autoridad habitual".
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