Poco después, fue designado por el gobierno cubano para fundar el Acuario Nacional de Cuba, en Miramar, La Habana.

Tras la terminación de las obras constructivas, fungió como su primer director.

Posteriormente, en 1965, fue nombrado primer director del Instituto de Oceanología.

Por esa misma época, fue asesor del Acuario de Baconao.

De regreso en La Habana, Guitart Manday volvió a ser director del Acuario Nacional, hasta su jubilación, en 1990.