[1]​ Daigo-ji fue fundado en el año 874, a principios del período Heian, por Rigen-daishi (Shōbō).

[2]​ Después de haber caído enfermo y abdicado en el año 930, el emperador Daigo entró al templo como monje budista, para lo cual se cambió el nombre a Hō-kongō; falleció poco después, a los cuarenta y seis años de edad.

El nombre del templo fue cambiado a Daigo y el antiguo emperador fue sepultado en el lugar.

El templo posee dieciocho tesoros nacionales diseñados de manera específica, incluyendo los edificios y otros lugares, y alberga varias docenas de bienes culturales importantes.

El mausoleo del Emperador Suzaku, conocido como Daigo no misasagi, se encuentra en las cercanías de Daigo-ji.