En 1982, Ntaryamira se graduó en agricultura por la Universidad Nacional de Ruanda en Kigali.
En este periodo se hizo políticamente activo en movimientos socialistas.
Fue preso político bajo el régimen del Coronel Jean-Baptiste Bagaza por un breve periodo en 1985.
El nuevo presidente Melchior Ndadaye nombró a Ntaryamira Ministro de Agricultura.
Estas muertes provocaron el genocidio de Ruanda en los meses posteriores.