[5]​ La cueva fue descubierta por los hermanos Eloy y Javier Delgado, mineros de oficio, en abril del año 2000.

El magma calentó el agua subterránea que estaba saturada con iones de sulfuro (S2−).

El oxígeno difundió lentamente en el agua caliente y oxidó los sulfuros (S2−) en sulfatos (SO42−) que precipitaron como anhidrita (CaSO4).

Se cree que a este nivel, las temperaturas de transición pudieron haber caído más rápidamente, dando fin al crecimiento de los cristales.

[2]​ La cueva de los cristales gigantes fue descubierta en el año 2000 por mineros que excavaban un nuevo túnel para la compañía minera Industrias Peñoles,[7]​ mientras perforaban la falla de Naica que les preocupaba inundaría la mina.