Hace 37 millones de años, ese mar quedó desconectado del océano[1] debido a levantamientos tectónicos en la zona actual de la Rioja en algún momento entre el Neógeno y del Plioceno y dio lugar a una enorme cuenca lacustre evaporítica (endorreica, sin salida fluvial).
Lagos residuales de este periodo son por ejemplo las lagunas endorreicas que aún persisten en Gallocanta, Sariñena o las del Bajo Aragón.
Debido al clima seco durante aquel periodo, los lagos formados en el interior de esa cuenca cerrada evaporaban toda el agua que recibían sin verter a los océanos (endorreísmo).
Esta situación anómala de la cuenca duró hasta un momento aún poco determinado[2] (entre 13 y 8 millones de años atrás) en que los lagos, que habían alcanzado una altitud varios cientos de metros sobre el nivel del mar debido a la acumulación de los sedimentos, encontraron una salida a sus aguas a través de la Cordillera Costero-Catalana y el sistema lacustre comenzó a desaguar en el mar Mediterráneo, formándose el actual río Ebro.
La diferencia entre ambas cantidades se encuentra actualmente en el Golfo de Valencia, Mediterráneo Occidental.