Descendiendo en altitud desde el Sistema Central o los Montes de Toledo se entra en el dominio propio del encinar y cuanto más al oeste nos desplazamos, el encinar da paso al alcornocal, típica comunidad esclerófila de clara influencia atlántica.
Más frecuentes y ampliamente distribuidas en el Alto Tajo se encuentran las saucedas arbustivas calcícolas, alianza Salicion discolori-neotrichae.
angustifolia, dominando este último en las zonas más frescas, es frecuente encontrar praderas-juncal e incluso carrizales de la alianza Molinio-Holoschoenion y ejemplares aislados de Populus nigra o P. alba, también aparecen Berberis vulgaris, Viburnum lantana o Ligustrum vulgare.
En los primeros tramos dominan las choperas cultivadas, pero desde los embalses de Bolarque y Almoguera, la vegetación de ribera cambia drásticamente con respecto al tramo superior en varios sentidos: Las alamedas, también llamadas choperas, suelen estar dominadas por Populus alba, Salix alba o Populus nigra, están situadas sobre suelos hidromorfos, ricos en bases y profundos, limosos o limo-arenosos en cauces permanentes u otras formas de hidromorfía edáfica.
En las áreas más xerotermófilas, como en el Aº Cedrón, cabecera del Aº de Martín Román, río Algodor, río Tajo en Estremera, la alameda se ve acompañada con tarajes, Tamarix gallica y Tamarix africana, que se hacen dominantes en pequeños meandros o cauces abandonados.
En algunos arroyos, la vegetación riparia la constituye un tayaral con elementos halófilos como Salsola vermiculata, Atriplex halimus, Sonchus maritimus, etc.
Dentro del grupo de las enredaderas son frecuentes Humulus lupulus, Bryonia dioica, Tamus communis, Rubia tinctorum y Vitis sylvestris.
El estrato arbustivo, cuando está bien conservado, suele ser denso y rico en plantas espinosas como Rubus spp, Crataegus monogyna, Prunus insititia, Sambucus nigra, etc.
Estos dos ríos poseen características similares: nacen en un entorno calcáreo y atraviesan terrenos detríticos en alguna parte de su recorrido.
En esta sauceda, que puede alcanzar porte arbóreo, existen numerosas plantas espinosas, Prunus spinosa, Rubus spp., Rosa ssp y escasean otros arbustos, en algunas localizaciones les acompañan elementos eurosiberianos como Populus tremula, Corylus avellana, Rhamnus catharticus y Ligustrum vulgare.
Son las mismas saucedas que más al oeste encontraremos en la cuenca del Alberche, Jarama y Guadarrama, Rubio corylifolii-Salicetum atrocinereae, dominada por Salix atrocinerea entremezclados con Betula pendula, Betula alba, Pinus sylvestris, Quercus pyrenaica, Taxus baccata, Ilex aquifolium, Fagus sylvatica o Populus tremula.
En algunas ocasiones presentan por delante una pequeña banda de sauceda arbustiva, mientras que hacia el interior contactan con fresnedas y melojares.
Cabe destacar la presencia de tarayales (Tamaricetum gallicae) que sustituyen a las alamedas y saucedas cuando la termoxericidad es muy acusada o cuando existe una capa freática salinizada.
En las zonas donde el valle se hace muy angosto, como en el Jaramilla, el brezal de Erica arborea con Cistus laurifolius, sustituye a la sauceda.
Alternando con éstas todavía se pueden encontrar alamedas de Populus alba, incluyendo especies como Fraxinus angustifolia, Ulmus minor, etc.
Afluentes españoles en esta zona son el Aburrel, el Aurela y el Sever, además del Salor.
En la cuenca del Tajo se han citado 29 especies de peces pertenecientes a las familias Anguillidae, Salmonidae, Esocidae, Cyprinidae, Cobitidae, Ictaluridae, Siluridae, Poeciliidae, Centrarchidae y Percidae.
Las cabeceras de los principales afluentes del Tajo y del mismo curso principal, la única especie piscícola que habita es la trucha común, Salmo trutta, especie que vive en aguas rápidas, frías y bien oxigenadas.
Son abundantes en zonas de cabecera, haciéndose más escasas a medida que se desciende en altitud.
Hacia aguas abajo de las cabeceras las condiciones van permitiendo, junto a la trucha, la aparición de otras especies como la bermejuela Chondrostoma arcasii, colmillejas, Cobitis paludica y Cobitis vettonica, lemprehuela, Cobitis calderoni, boga de río, Chondrostoma polylepis, madrilla, Chondrostoma miegii, gobio Gobio lozanoi, cachos Squalius pyrenaicus, bordallo Squalius carolitertii, calandrino Squalius alburnoides.
En estas últimas localizaciones entra en contacto con el sapo partero ibérico, Alytes cisternasii, que se distribuye hacia el sur, ocupando gran parte de la cuenca, donde es abundante.
Presentan un área de simpatría en el valle del río Tiétar, donde se han localizado individuos híbridos estériles.
Por el contrario, las mejores poblaciones de galápago leproso se encuentran en España, siendo más abundante en la mitad sur.
Las especies de mamíferos directamente relacionados con el medio dulceacuícola por su carácter acuático o semiacuático en la cuenca del Tajo son: la nutria paleártica (Lutra lutra), es un mustélido acuático autóctono que presenta adaptaciones al este medio, distribuida por toda la cuenca, excepto en aguas desfavorables o contaminadas; otro mustélido presente es el visón americano (Mustela vison), especie alóctona, que ha colonizado algunas áreas tras escaparse de granjas o por sueltas incontroladas.
Pequeña subcuenca en la margen derecha del Tajo, con 282 km², que comprende parcialmente los concejos de Alenquer, Azambuja y Cadaval.
Las especies de flora, endémicas, raras o vulnerables, ligadas a los medios edafo-higrófilos: Glinus lotoides, Euphorbia uliginosa, Myosotis lusitanica y Juncus valvatus.
Las especies que se asientan son, Oenanthe fistulosa, Butomus umbellatus, Damasonium alisma y Galium palustre.
Litológicamente dominada por rochas impermeables, crestas cuarcíticas y una cobertura sedimentaría reciente (cenozoica), que puede adquirir características de un acuífero libre.
La flora, endémica o vulnerable ligada a medios higrófilos son: Osmunda regalis, Montia fontana subsp.
En la parte media del curso fluvial, destacan para la nidificación de aves rupícolas como el búho real.