En su construcción, tres montañas que eran simbólicas del municipio de Matsushiro fueron dañadas.
Partes de las cuevas están abiertas al público hoy en día y son operadas como una atracción turística por Nagano.
El propósito original del complejo era servir como sede alternativa para el Cuartel General Imperial.
Sin embargo, en marzo de 1945, se emitieron órdenes secretas para agregar un palacio al complejo.
Yoshijirō Umezu informó al emperador Hirohito sobre la construcción del complejo en mayo, pero no le dijo que contenía un palacio.
Se ha sugerido que se negó porque ir a Matsushiro habría aislado al Emperador y habría permitido al ejército gobernar en su nombre, garantizando efectivamente que continuaría la guerra hasta "extremos suicidas".
130 de aproximadamente 500 familias fueron evacuadas para la construcción, que fue dirigida por el Mando Oriental del Ejército Imperial.
La agricultura en sí estaba permitida, por lo que los agricultores y sus dependientes se quedaron en las casas de los parientes cercanas.
Sin embargo, la unidad a cargo del santuario no tenía ni idea de cómo construir uno.
Posteriormente, el primer ministro Tojo Hideki amplió el proyecto para acomodar la transferencia del gobierno.
En 1946, una asociación budista local recibió permiso para convertir lo que iba a ser el palacio imperial en un orfanato.
La Agencia Meteorológica estableció una oficina sismográfica en el edificio de concreto en el monte Maizuru.
Se instalaron varios sismógrafos y equipos, lo que la convirtió en la oficina más grande de este tipo en Japón.
Masako Yamane señaló que, "justo el otro día, las autoridades bloquearon las entradas a los refugios subterráneos con cercas, a pesar de las solicitudes de que el cuartel general del Imperio General debería conservarse y dejarse abierto al público.
Los activistas por la paz pidieron a la NAOC que incluyera las cuevas en la lista de lugares interesantes para visitar en Nagano, pero sus solicitudes quedaron sin respuesta.