Crenicichla yjhui fue descrita para la ciencia en el año 2018, por los ictiólogos Lubomír Piálek, Jorge Casciotta, Adriana Almirón y Oldřich Říčan.
[3] Etimológicamente, el término genérico Crenicichla se construye con la palabra en latín crenulatus, que significa ‘corte’, ‘recortado’ y con el término en idioma griego kichle, con el que se identifica a un ‘lábrido’.
Ha desarrollado una morfología y ecología paralelas a una especie de Crenicichla con la cual no está cercanamente emparentada (ya que pertenece al ‘‘complejo de especies Crenicichla missioneira’’): C. celidochilus.
Ambas especies destacan dentro del género Crenicichla por presentar hábitos de depredadores pelágicos, con una dieta principalmente ictiófaga.
[3] Crenicichla yjhui es simpátrica, y en parte sinóptica, con otras dos especies del género Crenicichla con las que está estrechamente relacionada, las que también son endémicas del arroyo Urugua-í: C. ypo y C. yaha, sin embargo, difiere marcadamente en su ecomorfología, al ser una de ellas una invertívora generalista y la otra una moluscívora especializada.