El nombre científico específico (ypo) significa en idioma guaraní: 'habitante del agua'.

La parte superior y media de la misma se encuentra protegida por el parque provincial Urugua-í.

sólo se conoce a partir de las siguientes localidades, todas son de la cuenca del arroyo Urugua-í, provincia de Misiones: Crenicichla ypo fue descrita para la ciencia en el año 2010, por los ictiólogos Jorge Casciotta, Adriana Almirón, Lubomír Piálek, Sergio Gómez y Oldrich Rícan.

La localidad tipo es: Argentina, Misiones, cuenca del Paraná arroyo Urugua-í, Establecimiento “Alto Paraná”, 25º57.9’S 54º06.5’W.

Fue capturado en febrero de 1986, por Sergio Gómez y otros.