[1]​[2]​ En 1732 nace en Manila la idea de proporcionar sacerdotes católicos formados en España con destino a las islas Filipinas.

En sus edificios aparecen muchas veces los mismos temas de investigación arquitectónica desde sus primeras obras hasta las últimas.

El edificio se organiza en el interior de un rectángulo áureo, que a su vez se divide en un cuadrado y otro rectángulo de la misma proporción, dedicados respectivamente a las partes exteriores e interiores del complejo.

En torno al claustro se organizan las dependencias conventuales, reflectorios, cocinas, celdas, aulas, etc.

Su virtud se encuentra en que consigue reconciliar los requerimientos litúrgicos contrarreformistas, es decir un eje direccional centrado en el altar, con las formas geométricas derivadas del círculo revividas durante el Renacimiento.

A este espacio se acopla, tras el altar mayor, un retrocoro doble, dividido en dos alturas, cuya planta es, de nuevo, un rectángulo áureo.

Este recurso, popular en la arquitectura monástica italiana, era relativamente novedoso en España, donde tradicionalmente, el coro se sitúa en el centro de la nave.

Cuatro óculos perforan la cúpula, un elemento característico en la obra de Ventura Rodríguez que tiene su origen en su maestro Juvara.

Durante la Guerra de la Independencia, lo entonces construido del edificio sufrió daños al estar ocupado por el ejército francés.

La Desamortización de Mendizábal respetó el seminario debido a su labor en Filipinas y el interés que ofrecía esto al Estado.

Parte del edificio sigue estando ocupada como convento y seminario, con una interesante biblioteca solo abierta a investigadores.