Museo Arqueológico y Paleontológico de la Comunidad de Madrid

Los frailes regresaron en 1815, pero en 1835 el convento fue desamortizado, pasando a manos del Ayuntamiento de Alcalá de Henares.El 6 de junio de 2003 se inauguró la exposición permanente y el 7 de mayo de 2007 se abrió el Patio de cristales, conseguido por medio del acristalamiento y acondicionamiento del antiguo claustro del convento, que ha pasado a usarse para conferencias y congresos, con un aforo de aproximadamente 200 personas, pudiendo acoger también representaciones teatrales y conciertos.Lo que permitió abrir al público la nueva sala de paleontología.[3]​[4]​[5]​ Además de su función de investigación y conservación del patrimonio arqueológico exhibe una colección permanente con un recorrido cronológico y didáctico: fósiles paleontológicos, útiles paleolíticos, neolíticos, vestigios de la Edad del Bronce y la Edad del Hierro, una importante colección de época romana (destacando los mosaicos) y elementos de cultura material de las edades Antigua, Media y Moderna, llegando a la arqueología de la época industrial.[7]​ El museo realiza exposiciones temporales de temática arqueológica, paleontológica e histórica.